Methylation-specipc PCR (MSP) Kit

A-1 Template

template ပုံစံတွင်ပရိုတင်းအညစ်အကြေးများ (သို့) Taq inhibitors များပါ ၀ င်သည်။

template ပုံစံခွက်၏ denaturation သည်မပြည့်စုံပါ - denaturation temperature ကိုသင့်လျော်စွာတိုးမြှင့်ပေးပြီး denaturation အချိန်ကိုရှည်စေသည်။

■ပုံစံခွက်ပျက်စီးခြင်း —— ပုံစံခွက်ကိုပြန်လည်ပြင်ဆင်ပါ။

A-2 Primer ပါ

ers primer များ၏အရည်အသွေးညံ့ဖျင်းခြင်း-primer ကိုပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်း

er Primer ပျက်စီးခြင်း —— ထိန်းသိမ်းမှုအတွက် high concentration primers များကိုအသေးငယ်ဆုံးဖြစ်အောင်စုဆောင်းပါ။ အအေးခဲခြင်း၊ အရည်ပျော်ခြင်း (သို့) ၄ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်ရေရှည်သိုလှောင်ခြင်းကိုရှောင်ကြဉ်ပါ။

ers primer များ၏မမှန်ကန်သောဒီဇိုင်း (ဥပမာ primer အရှည်မလုံလောက်ခြင်း၊ primer များအကြား dimer ဖွဲ့ခြင်း၊ )

A-3 Mg^၂+အာရုံစူးစိုက်မှု

မောင်မောင်^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှုအလွန်နည်းသည် - Mg ကိုမှန်ကန်စွာတိုးမြှင့်ပါ^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှု: Mg ကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ^၂+ အကောင်းဆုံး Mg ကိုဆုံးဖြတ်ရန် ၁ မီလီမီတာမှ ၃ မီတာအထိတုံ့ပြန်မှုများဆက်တိုက်ပြုလုပ်ပြီးအာရုံစူးစိုက်မှုကိုအာရုံစူးစိုက်မှု^၂+ ပုံစံတစ်ခုနှင့် primer တစ်ခုစီအတွက်အာရုံစူးစိုက်မှု

A-4 Annealing အပူချိန်

an မြင့်မားသောမီးခံအပူချိန်သည် primer နှင့် template ၏စည်းနှောင်အားကိုသက်ရောက်မှုရှိသည်။ —— မီးလောင်ကျွမ်းထားသောအပူချိန်ကိုလျှော့ချပြီး ၂ ဒီဂရီဆဲလ်စီးယပ်စ်ဖြင့်အခြေအနေကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ။

A-5 Extension အချိန်

extension တိုတောင်းသောတိုးချဲ့အချိန် —— တိုးချဲ့မှုအချိန်ကိုတိုးပါ။

Phenomena: အနုတ်လက္ခဏာနမူနာများသည်ပစ်မှတ်အစဉ်လိုက်တီးဝိုင်းများကိုလည်းပြသည်။

PCR ၏ A-1 ညစ်ညမ်းမှု

target ပစ်မှတ်ဆင့်ပွားခြင်း (သို့) ချဲ့ထွင်ထားသောထုတ်ကုန်များ၏ညစ်ညမ်းမှုကိုဖြတ်ပါ၊ အနုတ်လက္ခဏာနမူနာတွင် ဦး တည်ချက်ပါ ၀ င်သောနမူနာကိုပိုက်ဖြင့်မပစ်ပါနှင့်၊ centrifuge ပြွန်မှယိုစေပါ။ ဓာတ်ကူပစ္စည်းများသို့မဟုတ်ကိရိယာများသည်ရှိပြီးသား nucleic အက်ဆစ်များကိုဖယ်ရှားရန် autoclaved ဖြစ်သင့်ပြီးညစ်ညမ်းမှုတည်ရှိမှုကိုအနုတ်လက္ခဏာထိန်းချုပ်မှုစမ်းသပ်မှုများဖြင့်ဆုံးဖြတ်သင့်သည်။

■ Reagent ညစ်ညမ်းမှု - ဓာတ်ကူပစ္စည်းများကိုစုဆောင်းပြီးအပူချိန်နိမ့်သောနေရာတွင်ထားပါ။

A-2 Primer

မောင်မောင်^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှုအလွန်နည်းသည် - Mg ကိုမှန်ကန်စွာတိုးမြှင့်ပါ^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှု: Mg ကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ^၂+ အကောင်းဆုံး Mg ကိုဆုံးဖြတ်ရန် ၁ မီလီမီတာမှ ၃ မီတာအထိတုံ့ပြန်မှုများဆက်တိုက်ပြုလုပ်ပြီးအာရုံစူးစိုက်မှုကိုအာရုံစူးစိုက်မှု^၂+ ပုံစံတစ်ခုနှင့် primer တစ်ခုစီအတွက်အာရုံစူးစိုက်မှု

ro မမှန်ကန်သော primer ဒီဇိုင်း၊ ပစ်မှတ်အစီအစဉ်သည်ပန်းတိုင်မဟုတ်သောအစီအစဉ်နှင့်တူညီသည်။ --- ပြန်လည်ဒီဇိုင်းဒီဇိုင်းများ

ဖြစ်ရပ်များ: PCR အသံချဲ့စက်များသည်မျှော်မှန်းထားသောအရွယ်အစားနှင့်ကြီးကြီးမားမား၊ သေးငယ်သည်ဖြစ်စေ၊ တစ်ခါတစ်ရံတွင်သီးခြားအသံချဲ့ခွင်များနှင့်မတိကျသောအသံချဲ့ခွင်များဖြစ်ပေါ်သည်။

A-1 Primer ဖြစ်သည်

prim primer တိကျမှုအားနည်းသည်

--- ပြန်လည်ဒီဇိုင်း primer

prim primer အာရုံစူးစိုက်မှုအလွန်မြင့်မားသည် - denaturation temperature ကိုမှန်မှန်ကန်ကန်မြင့်တက်စေပြီး denaturation ကြာရှည်စေသည်။

A-2 Mg^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှု

မောင်^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှုမြင့်လွန်းသည် - Mg2+ အာရုံစူးစိုက်မှုကိုမှန်ကန်စွာလျှော့ချပါ၊ Mg ကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ^၂+ အကောင်းဆုံး Mg ကိုဆုံးဖြတ်ရန် ၁ မီလီမီတာမှ ၃ မီတာအထိတုံ့ပြန်မှုများဆက်တိုက်ပြုလုပ်ပြီးအာရုံစူးစိုက်မှုကိုအာရုံစူးစိုက်မှု^၂+ ပုံစံတစ်ခုနှင့် primer တစ်ခုစီအတွက်အာရုံစူးစိုက်မှု

A-3 အပူထိန်းနိုင်သော polymerase

enzy အလွန်အကျွံအင်ဇိုင်းပမာဏ — 0.5 ၀.၅ ယူနစ်ကြားတွင်သင့်တော်သောအင်ဇိုင်းပမာဏကိုသင့်တော်စွာလျှော့ချပါ။

A-4 Annealing အပူချိန်

ne မီးခံအပူချိန်သည်နိမ့်လွန်းသည်-သင့်လျော်သော annealing အပူချိန်ကိုသင့်လျော်စွာတိုးမြှင့်ခြင်း (သို့) အဆင့်နှစ်ဆင့်ခွဲခြင်းနည်းလမ်းကိုသုံးပါ။

A-5 PCR ဟုတ်ရဲ့လား

PC PCR သံသရာများလွန်းခြင်း - PCR စက်ဝန်းအရေအတွက်ကိုလျှော့ချပါ။

A-1 Primer ဖြစ်သည်—- ပိုဆိုးသောထူးခြားမှု —— primer ကိုပြန်လည်ဒီဇိုင်းဆွဲပါ၊ primer ၏အနေအထားနှင့်အရှည်ကိုပြောင်းပါ။ သို့မဟုတ် nested PCR လုပ်ဆောင်ပါ။

A-2 Template သည် DNA ဖြစ်သည်

—— ပုံစံခွက်သည်မသန့်ရှင်းပါ —— ပုံစံခွက်ကိုသန့်စင်ပါ၊ သို့မဟုတ်သန့်ရှင်းသောဆေးသေတ္တာများဖြင့် DNA ကိုထုတ်ယူပါ။

A-3 Mg^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှု

--- မောင်^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှုအလွန်မြင့်မားသည် - Mg ကိုမှန်ကန်စွာလျှော့ချပါ^၂+ အာရုံစူးစိုက်မှု: Mg ကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ^၂+ အကောင်းဆုံး Mg ကိုဆုံးဖြတ်ရန် ၁ မီလီမီတာမှ ၃ မီတာအထိတုံ့ပြန်မှုများဆက်တိုက်ပြုလုပ်ပြီးအာရုံစူးစိုက်မှုကိုအာရုံစူးစိုက်မှု^၂+ ပုံစံတစ်ခုနှင့် primer တစ်ခုစီအတွက်အာရုံစူးစိုက်မှု

A-4 dNTP

—— dNTP ၏အာရုံစူးစိုက်မှုမြင့်လွန်းသည် —— dNTP ၏အာရုံစူးစိုက်မှုကိုသင့်လျော်စွာလျှော့ချပါ

A-5 Annealing အပူချိန်

—— အလွန်နည်းသော annealing အပူချိန် —— သင့်လျော်သော annealing အပူချိန်ကိုသင့်လျော်စွာတိုးမြှင့်ပါ

A-6 Cycles

—— သံသရာအလွန်များ —— စက်ဝန်းနံပါတ်ကိုပိုကောင်းအောင်လုပ်ပါ

ပထမအဆင့်သည်သင့်တော်သော polymerase ကိုရွေးချယ်ရန်ဖြစ်သည်။ ပုံမှန် Taq polymerase သည် 3'-5 'exonuclease လုပ်ဆောင်ချက်မရှိခြင်းကြောင့်စာပြန်စစ်။ မရပါကမကိုက်ညီလျှင်အပိုင်းအစများ၏တိုးချဲ့မှုထိရောက်မှုကိုများစွာလျော့ကျစေသည်။ ထို့ကြောင့်ပုံမှန် Taq polymerase သည် 5 kb ထက်ကြီးသောပစ်မှတ်အပိုင်းအစများကိုထိထိရောက်ရောက်မချဲ့နိုင်ပါ။ Taq polymerase ကိုအထူးပြုပြင်မွမ်းမံခြင်းသို့မဟုတ်အခြားမြင့်မားသောသစ္စာရှိမှု polymerase တို့ဖြင့် extension efficiency ကိုမြှင့်တင်ရန်နှင့်ရှည်လျားသောအပိုင်းအစချဲ့ထွင်မှုလိုအပ်ချက်များကိုဖြည့်ဆည်းရန်ရွေးချယ်သင့်သည်။ ထို့အပြင်အပိုင်းအစရှည်များချဲ့ခြင်းသည် primer ဒီဇိုင်း၊ denaturation time၊ extension time၊ buffer pH စသည်ဖြင့်လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်ညှိရန်လိုအပ်သည်။ အများအားဖြင့် 18-24 bp ပါသော primers များသည်အထွက်နှုန်းပိုကောင်းစေနိုင်သည်။ ပုံစံခွက်ပျက်စီးမှုကိုကာကွယ်ရန် ၉၄ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်တွင် denaturation time ကိုတစ်စက္ကန့် ၃၀ သို့လျှော့ချရန်နှင့်အသံချဲ့စက်မတိုင်မီအပူချိန် ၉၄ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်သို့ ၁ မိနစ်ထက်နည်းသင့်သည်။ ၎င်းအပြင်တိုးချဲ့အပူချိန်ကို ၆၈ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်ခန့်တွင်သတ်မှတ်ပေးပြီးတိုးချဲ့ချိန်ကို ၁ kb/min နှုန်းအတိုင်းဒီဇိုင်းဆွဲခြင်းဖြင့်ရှည်လျားသောအပိုင်းအစများကိုထိရောက်စွာချဲ့ထွင်နိုင်သည်။

PCR အသံချဲ့စက်၏အမှားနှုန်းကိုမြင့်မားသောတည်ကြည်မှုနှင့်အတူအမျိုးမျိုးသော DNA polymerases များကို သုံး၍ လျှော့ချနိုင်သည်။ ယခုအချိန်ထိ Taq DNA polymerases များအားလုံးတွင် Pfu အင်ဇိုင်းသည်အနိမ့်ဆုံးအမှားနှုန်းနှင့်အမြင့်ဆုံးသစ္စာရှိမှု (ပူးတွဲဇယားတွင်ကြည့်ပါ) ။ အင်ဇိုင်းရွေးချယ်မှုအပြင်သုတေသီများသည်ကြားခံဖွဲ့စည်းမှုကိုတိုးတက်စေခြင်း၊ အပူထိန်းနိုင်သော polymerase ၏အာရုံစူးစိုက်မှုနှင့် PCR စက်ဝန်းအရေအတွက်ပိုမိုကောင်းမွန်စေခြင်းအပါအ ၀ င်တုံ့ပြန်မှုအခြေအနေများကိုပိုမိုကောင်းမွန်စေခြင်းဖြင့်ပိုမိုလျှော့ချနိုင်သည်။